Cell line name | COLO 680N | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | COLO-680N; COLO #680N; COLO680N; Colorado 680N | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: COLO 680N (RRID:CVCL_1131) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) project. Part of: COSMIC cell lines project. Characteristics: Established from a nude mice xenograft. Doubling time: ~60 hours (CLS); ~60-70 hours (DSMZ). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep RNAseq analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations | Homozygous for TP53 p.Arg248Trp (c.742C>T) (ClinVar=VCV000012347) (CCLE; Cosmic-CLP). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Esophageal squamous cell carcinoma (NCIt: C4024) Squamous cell carcinoma of the esophagus (ORDO: Orphanet_99977) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human)
(NCBI Taxonomy: 9606)
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Sex of cell | Female | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 57Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): CLS; Cosmic-CLP; DSMZ; PubMed=25877200 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=20164919; DOI=10.1038/nature08768 PubMed=20215515; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-09-3458 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections | CLS; 300464/p816_COLO-680N
DSMZ; ACC-182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLDB; cl866
CCLE; COLO680N_OESOPHAGUS Cell_Model_Passport; SIDM00956 Cosmic-CLP; 906817 DepMap; ACH-000717 LINCS_LDP; LCL-1551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Ontologies | CLO; CLO_0002573
EFO; EFO_0006373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03471044
BioSample; SAMN03473366 BioSample; SAMN10988482 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3308724
ChEMBL-Targets; CHEMBL1075427 GDSC; 906817 PharmacoDB; COLO680N_228_2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-783
ArrayExpress; E-MTAB-2706 ArrayExpress; E-MTAB-2770 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM827548 GEO; GSM886945 GEO; GSM888012 GEO; GSM1669689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | Wikidata; Q54814135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 906817
IARC_TP53; 21236 LiGeA; CCLE_092 Progenetix; CVCL_1131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 29-Oct-2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 28 |