Cell line name | RXF 393L | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | RXF393L; RXF-393 L; RXF-393; RXF 393; RXF.393; RXF393; RXF 393NL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: RXF 393L (RRID:CVCL_1673) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) project. Part of: COSMIC cell lines project. Part of: MD Anderson Cell Lines Project. Part of: NCI-60 cancer cell line panel. Doubling time: 62.9 hours (NCI-DTP). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: Array-based CGH. Omics: CNV analysis. Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep proteome analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: Fluorescence phenotype profiling. Omics: lncRNA expression profiling. Omics: Metabolome analysis. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis. Misspelling: RXF393-RU; In Cosmic 1175851. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations | Heterozygous for KRAS p.Asp153Val (c.458A>T) (Cosmic-CLP).Homozygous for TP53 p.Arg175His (c.524G>A) (ClinVar=VCV000012374) (PubMed=17088437; PubMed=18277095; CCLE; Cosmic-CLP). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
HLA typing | Source: PubMed=15748285
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Renal cell carcinoma (NCIt: C9385) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human)
(NCBI Taxonomy: 9606)
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Sex of cell | Male | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 54Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): Cosmic-CLP; PubMed=19372543 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | https://dtp.cancer.gov/discovery_development/nci-60/cell_list.htm https://strap.nci.nih.gov/celline_detail.php?sample_id=39 http://tcpaportal.org/mclp/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=2041050; DOI=10.1093/jnci/83.11.757 PubMed=10700174; DOI=10.1038/73432 PubMed=15748285; DOI=10.1186/1479-5876-3-11 PubMed=17088437; DOI=10.1158/1535-7163.MCT-06-0433 PubMed=18277095; DOI=10.4161/cbt.7.5.5712 PubMed=19372543; DOI=10.1158/1535-7163.MCT-08-0921 PubMed=20164919; DOI=10.1038/nature08768 PubMed=22068913; DOI=10.1073/pnas.1111840108 PubMed=22384151; DOI=10.1371/journal.pone.0032096 PubMed=22628656; DOI=10.1126/science.1218595 PubMed=23856246; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-12-3342 PubMed=23933261; DOI=10.1016/j.celrep.2013.07.018 PubMed=24279929; DOI=10.1186/2049-3002-1-20 PubMed=24670534; DOI=10.1371/journal.pone.0092047 PubMed=27377824; DOI=10.1038/sdata.2016.52 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017 PubMed=27807467; DOI=10.1186/s13100-016-0078-4 PubMed=28196595; DOI=10.1016/j.ccell.2017.01.005 PubMed=28489074; DOI=10.1038/ncomms15165 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections | NCI-DTP; RXF 393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CCLE; RXF393_KIDNEY
Cell_Model_Passport; SIDM00086 Cosmic-CLP; 905978 DepMap; ACH-002195 LINCS_LDP; LCL-1770 SKY/M-FISH/CGH; 2800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Ontologies | BTO; BTO:0004207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3307734
ChEMBL-Targets; CHEMBL614886 GDSC; 905978 PharmacoDB; RXF393_1338_2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-783
ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM2100 GEO; GSM743484 GEO; GSM750839 GEO; GSM799375 GEO; GSM799438 GEO; GSM847111 GEO; GSM844678 GEO; GSM844679 GEO; GSM1153448 GEO; GSM1178577 GEO; GSM1178578 GEO; GSM1178579 GEO; GSM1181369 GEO; GSM1181370 GEO; GSM1670398 GEO; GSM2124681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | Wikidata; Q54951507 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 875872
Cosmic; 905978 Cosmic; 974306 Cosmic; 1175851 Cosmic; 1305376 Cosmic; 1312364 Cosmic; 1998471 IARC_TP53; 18073 Progenetix; CVCL_1673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Proteomic databases | PRIDE; PXD005940
PRIDE; PXD005942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 29-Oct-2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 30 |