Cell line name | EFM-192A | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | EFM192A; EFM192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_1812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: EFM-192A (RRID:CVCL_1812) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) project. Part of: COSMIC cell lines project. Part of: GrayJW breast cancer cell line panel. Part of: MD Anderson Cell Lines Project. Doubling time: ~9 days (DSMZ); 80.21 hours (https://www.synapse.org/#!Synapse:syn2347014). Microsatellite instability: Stable (MSS) (Sanger). Omics: CNV analysis. Omics: Deep exome analysis. Omics: Deep quantitative proteome analysis. Omics: Deep RNAseq analysis. Omics: DNA methylation analysis. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations | Heterozygous for PIK3CA p.Cys420Arg (c.1258T>C) (ClinVar=VCV000031945) (CCLE; Cosmic-CLP).Heterozygous for TP53 p.Glu271fs*1 (c.807_808insT) (CCLE; Cosmic-CLP). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
HLA typing | Source: PubMed=25960936
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Genome ancestry | Source: PubMed=30894373
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Disease | Breast carcinoma (NCIt: C4872) Derived from metastatic site: Pleural effusion. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human)
(NCBI Taxonomy: 9606)
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Originate from same individual | CVCL_1813 ! EFM-192B CVCL_1814 ! EFM-192C | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Female | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 46Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): Cosmic-CLP; DSMZ; PubMed=25877200 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | https://www.synapse.org/#!Synapse:syn2346643/wiki/62255 http://tcpaportal.org/mclp/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=19582160; DOI=10.1371/journal.pone.0006146 PubMed=22460905; DOI=10.1038/nature11003 PubMed=24176112; DOI=10.1186/gb-2013-14-10-r110 PubMed=25960936; DOI=10.4161/21624011.2014.954893 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=27397505; DOI=10.1016/j.cell.2016.06.017 PubMed=28196595; DOI=10.1016/j.ccell.2017.01.005 PubMed=30894373; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-18-2747 PubMed=31068700; DOI=10.1038/s41586-019-1186-3 PubMed=31978347; DOI=10.1016/j.cell.2019.12.023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections | DSMZ; ACC-258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CCLE; EFM192A_BREAST
Cell_Model_Passport; SIDM01002 Cosmic-CLP; 1290798 DepMap; ACH-000117 LINCS_HMS; 51114 LINCS_LDP; LCL-1478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Ontologies | CLO; CLO_0002889
EFO; EFO_0006568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03471045
BioSample; SAMN10988213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | GDSC; 1290798
PharmacoDB; EFM192A_322_2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-2706
ArrayExpress; E-MTAB-2770 ArrayExpress; E-MTAB-3610 GEO; GSM274641 GEO; GSM344365 GEO; GSM344415 GEO; GSM350532 GEO; GSM847316 GEO; GSM847470 GEO; GSM843498 GEO; GSM886998 GEO; GSM888067 GEO; GSM1172950 GEO; GSM1172858 GEO; GSM1421429 GEO; GSM1669755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | Wikidata; Q54832052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 1309000
Cosmic; 1995391 Cosmic; 2165004 IARC_TP53; 28290 LiGeA; CCLE_198 Progenetix; CVCL_1812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 29-Oct-2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 27 |