Cell line name | CX-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Synonyms | HT-29/CX-1; CX1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession | CVCL_2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Resource Identification Initiative | To cite this cell line use: CX-1 (RRID:CVCL_2011) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | Part of: MD Anderson Cell Lines Project. Doubling time: ~24 hours (CLS); ~30 hours (DSMZ). Microsatellite instability: Stable (MSS) (PubMed=25926053). Omics: Deep RNAseq analysis. Omics: Protein expression by reverse-phase protein arrays. Omics: SNP array analysis. Omics: Transcriptome analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence variations | Heterozygous for APC p.Glu853Ter (c.2557G>T) and p.Thr1556Asnfs*3 (c.4666dupA) (c.4666_4667insA) (ClinVar=VCV000428112) (from parent cell line).Heterozygous for BRAF p.Val600Glu (c.1799T>A) (ClinVar=VCV000013961) (from parent cell line).Heterozygous for PIK3CA p.Pro449Thr (c.1345C>A) (from parent cell line).Homozygous for SMAD4 p.Gln311Ter (c.931C>T) (ClinVar=VCV000230663) (from parent cell line).Homozygous for TP53 p.Arg273His (c.818G>A) (ClinVar=VCV000012366) (PubMed=7651727; PubMed=16418264). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease | Colon adenocarcinoma (NCIt: C4349) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Species of origin | Homo sapiens (Human)
(NCBI Taxonomy: 9606)
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Hierarchy | Parent: CVCL_0320 (HT-29) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sex of cell | Female | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Age at sampling | 44Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | Cancer cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
STR profile | Source(s): CLS; DSMZ; PubMed=25877200; PubMed=25926053 Markers:
Run an STR similarity search on this cell line | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Web pages | http://tcpaportal.org/mclp/ | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Publications | PubMed=7651727 PubMed=10737795; DOI=10.1073/pnas.97.7.3352 PubMed=12601555; DOI=10.1007/s100380300014 PubMed=16418264; DOI=10.1073/pnas.0510146103 PubMed=20606684; DOI=10.1038/sj.bjc.6605780 PubMed=24755471; DOI=10.1158/0008-5472.CAN-14-0013 PubMed=25485619; DOI=10.1038/nbt.3080 PubMed=25926053; DOI=10.1038/ncomms8002 PubMed=28196595; DOI=10.1016/j.ccell.2017.01.005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-references | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line collections | CLS; 300159/p496_CX-1
DSMZ; ACC-129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Cell line databases/resources | CLDB; cl939
ColonAtlas; CX1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Ontologies | BTO; BTO:0002440
CLO; CLO_0002650 EFO; EFO_0006561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological sample resources | BioSample; SAMN03473136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemistry resources | ChEMBL-Cells; CHEMBL3307403
ChEMBL-Targets; CHEMBL614566 PharmacoDB; CX1_270_2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene expression databases | ArrayExpress; E-MTAB-2706
GEO; GSM206466 GEO; GSM274761 GEO; GSM274762 GEO; GSM1346835 GEO; GSM1448120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Other | Wikidata; Q54817065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Polymorphism and mutation databases | Cosmic; 948826
Cosmic; 995389 Cosmic; 1043809 Cosmic; 1374637 Cosmic; 2301971 Cosmic; 2800584 IARC_TP53; 4561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry history | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Entry creation | 04-Apr-2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Last entry update | 29-Oct-2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Version number | 24 |